环科所设所长、副所长及总工各1人，下设综合部、研究一部、研究二部、分析测试中心4个内设科室。综合部3人，研究一部19人，研究二部10人，分析测试中心34人，共计69人。其中，具有硕士及以上学历30人。全所高级职称15人，中级职称19人。专业方向涵盖了环境科学、环境工程、环境监测、生态学等领域，基本形成了一支年富力强，朝气蓬勃、团结协作、勇于创新的人才队伍。